1946年6月12日，九三学社上海分社成立，公推理事7人组成第一届理事会，互推褚辅成为主任（理事）。1950年3月19日，九三上海分社召开新中国成立后第一次社员会议，决定成立临时工作委员，笪移今为召集人。1950年6月临时工作委员会恢复为理事会，是为上海分社第三届理事会。1951年11月3日，成立改选前的临时过渡机构——九三学社上海分社第三届理事会扩大委员会。1952年9月，经九三学社中央批准，九三学社上海分社理事会改为九三学社上海分社委员会。1953年8月2日经社员大会选举产生九三学社上海分社第四届委员会。至此，九三学社上海分社委员会的名称作为地方组织领导机构一直沿用至第九届委员会。

　　1983年12月，九三学社第四次全国社员代表大会修改社章，将各地方分社改建为省、自治区、直辖市委员会。九三学社上海市委员会为九三学社的省级地方组织，由九三学社上海市代表大会选举产生，每届任期5年。1984年4月，经九三学社上海市第五次社员代表大会选举产生九三学社上海市第十届委员会。历经换届，至1992年6月为第十二届委员会。2002年，选举产生了第十四届委员会。