九三学社的前身是“民主科学座谈会”。1944年底，一批进步学者为争取抗战胜利和政治民主，继承和发扬五四运动的民主、科学精神，在重庆组成“民主科学座谈会”，讨论时局，发表政见。后为纪念1945年9月3日抗日战争和国际反法西斯战争胜利，改建为九三学社，并于1946年5月4日正式成立，选出许德珩、褚辅成、税西恒、潘菽、涂长望等16人为理事，梁希、卢于道、黎锦熙等8人为监事。

　　解放战争时期，九三学社支持中国共产党的各项政治、主张，在北平、上海、南京、重庆等地积极参加中国共产党领导的反内战、反饥饿、反迫害等民主运动，同国民党的反动统治进行斗争。1949年1月，九三学社发表宣言，响应毛泽东主席的八项和平主张，拥护召开新政治协商会议。1949年9月，九三学社的代表参加了中国人民政治协商会议第一届全体会议，参与了《共同纲领》的制定、中央人民政府的组成和中华人民共和国的建立。

　　新中国成立后，九三学社郑重宣布：接受中国共产党的领导，以政协《共同纲领》作为自己的政治纲领。
　　    此后，九三学社作为中国共产党领导的多党合作中的一个民主党派，参与了对国家政治生活中重大问题的协商，参与了中央和地方政府的工作，团结推动成员及所联系的人士投身于中国共产党领导的社会主义改造和新中国的经济、科技、教育等各项建设事业，为加强全国人民的团结，巩固人民民主专政，推动社会主义革命和社会主义建设事业作出了自己的贡献，成为一个为社会主义服务的政党。 在新的历史时期，九三学社认真贯彻以经济建设为中心，坚持四项基本原则，坚持改革开放的基本路线，坚持和完善中国共产党领导的多党合作和政治协商制度，遵循同中国共产党“长期共存、互相监督、肝胆相照、荣辱与共”的方针，在国家政治生活、社会生活和建设事业中发挥了越来越大的作用。积极参加国家大政方针的协商，参与国家事务的管理，认真旅行参政议政、民主监督的职责；紧紧围绕经济建设这个中心，就教育、科技、知识分子、经济建设等方面的重大课题进行调研，向中共和政府提出许多重要建议，受到国家有关方面的重视；面向社会开展科技咨询、讲学办学和支边扶贫等活动；推动成员和所联系的广大科学技术、高等教育和医药卫生界专家学者做好本职工作，为改革和现代化建设多做贡献；协调有关方面的关系、维护安定团结的政治局面；积极开展海外联络工作，为促进祖国和平统一服务。这些工作对推动我国社会主义物质文明和精神文明的建设都起到了积极作用。

　　现有社员8万8千人，其中具有高级职称者占60%。在九三学社的社员中，有104位全国政协委员，70位全国人大代表，有19人任省级政协副主席，4人任省级人大常委会副主任，4人在政府任副省长或直辖市副市长。九三学社先后拥有150位中国科学院院士（学部委员）与中国工程院院士，许多人为中国科技事业做出了卓越的贡献。九三学社社员王淦昌、邓稼先、赵九章、陈芳允、程开甲获“两弹一星功勋奖章”，王选、黄昆荣获2001年度国家最高科学技术奖。

　　九三学社中央历任主席为许德珩、周培源、吴阶平。现任主席为韩启德。